analyse-R/rmarkdown-les-rapports-automatises

[giscus[bot]]

analyse-R/rmarkdown-les-rapports-automatises

https://larmarange.github.io/analyse-R/rmarkdown-les-rapports-automatises.html

[lisakaly]

Merci pour cet excellent tutoriel sur R markdown. J'aimerai savoir comment sauvegarder (uniquement) le output HTML pour pouvoir le partager par email avec d'autres personnes qui n'ont pas forcement installe dans leur ordinateur le programme R.

[larmarange]

Il vous suffit d'envoyer le fichier HTML produit et non le fichier Rmarkdown

[PHANIWA]

Bonjour Monsieur Larmange, j'espère que vous allez bien.
J"ai besoin de votre aide pour le traitement des données que je fais sur Rstudio.
Lorsque je lance la commande voici ce qui apparait:

tab<-finalfit(daw,dep1,expliq)
Error in dplyr::select():
! Can't subset columns that don't exist.
x Columns NA, etc. don't exist.
Run rlang::last_error() to see where the error occurred.
Warning messages:
1: In if (d_is.surv) { :
the condition has length > 1 and only the first element will be used
2: In if (!d_is.factor & !d_is.surv) { :
the condition has length > 1 and only the first element will be used

[larmarange]

en l'absence de contexte difficile de vous répondre

Vérifier votre code, vous avez probablement une coquille quelque part

[PHANIWA]

Merci bien.
Je vais reprendre la procédure une fois de plus

[PHANIWA]

Bonsoir Monsieur, j'espère que vous allez bien.
Après plusieurs tentatives et vérifications c'est toujours le même message qui s'affiche.
Je sais vraiment pas où le problème se situe.
Est ce possible de vous envoyez la base de données?
Merci

[loicjochault]

Bonjour M Larmarange et merci beaucoup pour le travail que vous faites pour la compréhension de R, j'ai énormément progressé grâce à vous.
Lorsque je veux faire un rapport rapide en utilisant compile report, j'ai un message d'erreur car les signes particuliers comme les "é" sont bloquants (pour les titres ou étiquettes par exemple), lorsque je les enlève, ça passe. Auriez-vous une solution pour les conserver ?

[gemerick2]

Bonjour à tous !

J'ai rencontré un problème récemment lors de l'exécution de fichiers .rmd. Plus précisément, après avoir compilé n'importe quel fichier vers format pdf, le lecteur par défaut ne s'ouvre plus pour afficher le document. J'ai essayé de réinstaller TinyTeX, mais cela n'a pas résolu le problème. J'espère que vous pourriez me donner un coup de main pour résoudre ce problème. Merci d'avance pour votre aide !

[larmarange]

Sans message d'erreur, difficile de faire un retour.

[gemerick2]

Le message affiché indique que le fichier a bien été crée mais la lecture automatique non. Voici le message :

processing file: stage.Rmd

output file: stage.knit.md

"C:/Program Files/RStudio/resources/app/bin/quarto/bin/tools/pandoc" +RTS -K512m -RTS stage.knit.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+tex_math_single_backslash --output stage.tex --lua-filter "C:\Users\DELLE51\AppData\Local\R\WIN-LI1\4.3\RMARKD1\RMARKD1\lua\PAGEBR1.LUA" --lua-filter "C:\Users\DELLE51\AppData\Local\R\WIN-LI1\4.3\RMARKD1\RMARKD1\lua\LATEX-1.LUA" --embed-resources --standalone --table-of-contents --toc-depth 2 --highlight-style tango --pdf-engine xelatex --variable graphics --include-in-header "C:\Users\DELLE51\AppData\Local\Temp\Rtmpa2xscE\rmarkdown-str4401bafb67.html" --variable "geometry:margin=1in"
tlmgr.pl: package repository https://mirrors.mit.edu/CTAN/systems/texlive/tlnet (not verified: pubkey missing)
[1/1, ??:??/??:??] install: setspace [8k]
running mktexlsr ...
done running mktexlsr.
tlmgr.pl: package log updated: C:/Users/DELL E5470/AppData/Roaming/TinyTeX/texmf-var/web2c/tlmgr.log
tlmgr.pl: command log updated: C:/Users/DELL E5470/AppData/Roaming/TinyTeX/texmf-var/web2c/tlmgr-commands.log
tlmgr.pl: package repository https://mirror.math.princeton.edu/pub/CTAN/systems/texlive/tlnet (not verified: pubkey missing)
[1/1, ??:??/??:??] install: fancyhdr [6k]
running mktexlsr ...
done running mktexlsr.
tlmgr.pl: package log updated: C:/Users/DELL E5470/AppData/Roaming/TinyTeX/texmf-var/web2c/tlmgr.log
tlmgr.pl: command log updated: C:/Users/DELL E5470/AppData/Roaming/TinyTeX/texmf-var/web2c/tlmgr-commands.log
tlmgr.pl: package repository https://ctan.math.washington.edu/tex-archive/systems/texlive/tlnet (not verified: pubkey missing)
[1/5, ??:??/??:??] install: eso-pic [4k]
[2/5, 00:01/00:16] install: grfext [3k]
[3/5, 00:03/00:31] install: grffile [4k]
[4/5, 00:05/00:31] install: oberdiek [40k]
[5/5, 00:12/00:15] install: pdfpages [14k]
running mktexlsr ...
done running mktexlsr.
tlmgr.pl: package log updated: C:/Users/DELL E5470/AppData/Roaming/TinyTeX/texmf-var/web2c/tlmgr.log
tlmgr.pl: command log updated: C:/Users/DELL E5470/AppData/Roaming/TinyTeX/texmf-var/web2c/tlmgr-commands.log
tlmgr.pl: package repository https://mirror.clientvps.com/CTAN/systems/texlive/tlnet (not verified: pubkey missing)
[1/1, ??:??/??:??] install: enumitem [14k]
running mktexlsr ...
done running mktexlsr.
tlmgr.pl: package log updated: C:/Users/DELL E5470/AppData/Roaming/TinyTeX/texmf-var/web2c/tlmgr.log
tlmgr.pl: command log updated: C:/Users/DELL E5470/AppData/Roaming/TinyTeX/texmf-var/web2c/tlmgr-commands.log
tlmgr.pl: package repository https://ftp.rrze.uni-erlangen.de/ctan/systems/texlive/tlnet (not verified: pubkey missing)
[1/1, ??:??/??:??] install: colortbl [4k]
running mktexlsr ...
done running mktexlsr.
tlmgr.pl: package log updated: C:/Users/DELL E5470/AppData/Roaming/TinyTeX/texmf-var/web2c/tlmgr.log
tlmgr.pl: command log updated: C:/Users/DELL E5470/AppData/Roaming/TinyTeX/texmf-var/web2c/tlmgr-commands.log
tlmgr.pl: package repository https://mirrors.mit.edu/CTAN/systems/texlive/tlnet (not verified: pubkey missing)
[1/1, ??:??/??:??] install: babel-french [16k]
running mktexlsr ...
done running mktexlsr.
tlmgr.pl: package log updated: C:/Users/DELL E5470/AppData/Roaming/TinyTeX/texmf-var/web2c/tlmgr.log
tlmgr.pl: command log updated: C:/Users/DELL E5470/AppData/Roaming/TinyTeX/texmf-var/web2c/tlmgr-commands.log
tlmgr.pl: package repository https://ctan.math.utah.edu/ctan/tex-archive/systems/texlive/tlnet (not verified: pubkey missing)
[1/1, ??:??/??:??] install: carlisle [9k]
running mktexlsr ...
done running mktexlsr.
tlmgr.pl: package log updated: C:/Users/DELL E5470/AppData/Roaming/TinyTeX/texmf-var/web2c/tlmgr.log
tlmgr.pl: command log updated: C:/Users/DELL E5470/AppData/Roaming/TinyTeX/texmf-var/web2c/tlmgr-commands.log
tlmgr.pl: package repository https://mirror.physik.tu-berlin.de/pub/CTAN/systems/texlive/tlnet (not verified: pubkey missing)
[1/1, ??:??/??:??] install: pdflscape [3k]
running mktexlsr ...
done running mktexlsr.
tlmgr.pl: package log updated: C:/Users/DELL E5470/AppData/Roaming/TinyTeX/texmf-var/web2c/tlmgr.log
tlmgr.pl: command log updated: C:/Users/DELL E5470/AppData/Roaming/TinyTeX/texmf-var/web2c/tlmgr-commands.log
tlmgr install hyphen-french
tlmgr.pl: package repository https://ctan.mc1.root.project-creative.net/systems/texlive/tlnet (not verified: pubkey missing)
[1/1, ??:??/??:??] install: hyphen-french [12k]
running mktexlsr ...
done running mktexlsr.
regenerating language.dat
regenerating language.def
regenerating language.dat.lua
running fmtutil-sys --byhyphen "language.dat" --no-error-if-no-engine=luametatex,luajithbtex,luajittex,mfluajit --status-file=C:\Users\DELLE51\AppData\Local\Temp\9l4MseG9z4\DITBeTiYFx ...
OK: latex.fmt/pdftex xelatex.fmt/xetex dvilualatex.fmt/luatex pdflatex.fmt/pdftex lualatex.fmt/luahbtex
running fmtutil-sys --byhyphen "language.def" --no-error-if-no-engine=luametatex,luajithbtex,luajittex,mfluajit --status-file=C:\Users\DELLE51\AppData\Local\Temp\9l4MseG9z4\DITBeTiYFx ...
OK: latex.fmt/pdftex xelatex.fmt/xetex dvilualatex.fmt/luatex pdflatex.fmt/pdftex lualatex.fmt/luahbtex xetex.fmt/xetex pdftex.fmt/pdftex luahbtex.fmt/luahbtex luatex.fmt/luatex pdfetex.fmt/pdftex dviluatex.fmt/luatex etex.fmt/pdftex
running fmtutil-sys --byhyphen "language.dat.lua" --no-error-if-no-engine=luametatex,luajithbtex,luajittex,mfluajit --status-file=C:\Users\DELLE51\AppData\Local\Temp\9l4MseG9z4\DITBeTiYFx ...
OK: latex.fmt/pdftex xelatex.fmt/xetex dvilualatex.fmt/luatex pdflatex.fmt/pdftex lualatex.fmt/luahbtex xetex.fmt/xetex pdftex.fmt/pdftex luahbtex.fmt/luahbtex luatex.fmt/luatex pdfetex.fmt/pdftex dviluatex.fmt/luatex etex.fmt/pdftex
tlmgr.pl: package log updated: C:/Users/DELL E5470/AppData/Roaming/TinyTeX/texmf-var/web2c/tlmgr.log
tlmgr.pl: command log updated: C:/Users/DELL E5470/AppData/Roaming/TinyTeX/texmf-var/web2c/tlmgr-commands.log

Output created: stage.pdf

[larmarange]

Ce qui compte c'est que le fichier ait été créé.

AUcune idée pour la lecture automatique. A demander sur les forum de RStudio.