Refactor/structure audit

.github/workflows/ci.yml

@@ -20,8 +20,8 @@ jobs:
       - uses: actions/setup-python@v6
         with:
           python-version: ${{ matrix.python }}
-      - run: python -X utf8 -m unittest discover -s template/tests
-      - run: python -X utf8 -m unittest discover -s tests
+      - run: python -X utf8 -m unittest discover -s tests/template
+      - run: python -X utf8 -m unittest discover -s tests/kit
 
   harness-contract:
     runs-on: ubuntu-latest
@@ -35,4 +35,4 @@ jobs:
           node-version: '24'
       - run: python template/scripts/harness.py prepare
       - run: npm install --prefix "$RUNNER_TEMP/research-dsh" "$(python template/scripts/harness.py package)"
-      - run: node template/tests/harness_runtime.mjs "$RUNNER_TEMP/research-dsh/node_modules"
+      - run: node tests/template/harness_runtime.mjs "$RUNNER_TEMP/research-dsh/node_modules"

.gitignore

@@ -1 +1,3 @@
 __pycache__/
+.pytest_cache/
+*.pyc

README.md

@@ -1,17 +1,17 @@
-# Шаблон исследовательского проекта: математика, источники, Lean
+# Шаблон проекта: математика, источники, Lean
 
-Заготовка проекта, который ведут агенты DeepSeek Harness или Claude Code: постановка, источники, идеи с
-независимой критикой, доказательства с рецензией, формализация в Lean 4 с проверкой
-соответствия, статья. От темы шаблон не зависит: всё тематическое лежит в двух файлах
-нового проекта, `question.md` и `PROJECT.md`.
+Набор для исследовательского проекта, который ведут агенты Claude Code или DeepSeek
+Harness: постановка, источники, идеи с независимой критикой, доказательства с рецензией,
+формализация в Lean 4 с проверкой соответствия, статья. От темы шаблон не зависит: всё
+тематическое живёт в двух файлах нового проекта, `question.md` и `PROJECT.md`.
 
-Порядок работы и возможности проекта для нового пользователя описаны в
-[GUIDE.md](GUIDE.md).
+Порядок работы и возможности для нового пользователя — в [docs/guide.md](docs/guide.md).
+Как устроен сам набор — в [docs/architecture.md](docs/architecture.md).
 
 ## Новый проект
 
 ```
-python create.py ..\Spectra --lib Spectra --title "Название темы"
+python tools/create.py ..\Spectra --lib Spectra --title "Название темы"
 cd ..\Spectra
 lake exe cache get
 lake build
@@ -21,49 +21,63 @@ python scripts/harness.py run web
 ```
 
 `--lib` — имя библиотеки Lean и пространства имён. Версии Lean и Mathlib берутся из
-шаблона; ключ `--pins-from ПРОЕКТ` берёт их из работающего проекта. Дальнейшие шаги
-описаны в `README.md` созданного проекта.
+шаблона; ключ `--pins-from ПРОЕКТ` берёт их из работающего проекта. Дальнейшие шаги —
+в `README.md` созданного проекта.
 
 Для DeepSeek Harness нужны Node.js 22.19+ (ветка 22) или 24+ и npm. Команда запуска
-подготовит нативные skills, роли и MCP, затем откроет Harness закреплённой версии.
-Модель и ключ настраиваются в Harness. Подробности, headless-запуск и проверки —
-[DEEPSEEK.md](template/DEEPSEEK.md). Поддержка Claude Code сохраняется.
+подготовит нативные skills, роли и MCP, затем откроет Harness закреплённой версии. Модель
+и ключ настраиваются в Harness. Подробности, headless-запуск и проверки —
+[template/DEEPSEEK.md](template/DEEPSEEK.md). Поддержка Claude Code сохраняется.
 
 ## Обновление инструментов в проекте
 
 ```
-python create.py --update ..\Spectra --dry-run
-python create.py --update ..\Spectra
+python tools/create.py --update ..\Spectra --dry-run
+python tools/create.py --update ..\Spectra
 ```
 
 Обновление переписывает только то, чем владеет шаблон: `AGENTS.md`, `CLAUDE.md`,
 `scripts/`, `tests/`, `.claude/agents/`, `.claude/commands/`, `.claude/skills/`,
-`DEEPSEEK.md`, `sources/README.md`, `experiments/README.md`, CI. Постановка, записи, идеи, источники,
-библиотека Lean, статья, `.mcp.json` и `.claude/settings.json` не трогаются. Файлы,
-которых в шаблоне больше нет, команда перечисляет, но не удаляет.
+`DEEPSEEK.md`, `sources/README.md`, `experiments/README.md`, CI. Постановка, записи, идеи,
+источники, библиотека Lean, статья, `.mcp.json` и `.claude/settings.json` не трогаются.
+Файлы, которых в шаблоне больше нет, команда перечисляет, но не удаляет.
 
-После обновления пересобираются производные `.dsh/skills/` и Cordis patch для Harness
-из актуальных инструкций и локальной `.mcp.json`. `--dry-run` ничего не пишет.
+После обновления пересобираются производные `.dsh/skills/` и Cordis patch для Harness из
+актуальных инструкций и локальной `.mcp.json`. `--dry-run` ничего не пишет.
 
 ## Изменение воркфлоу
 
 Команды, роли и навыки правятся в одном месте — `template/.claude/`; MCP-серверы — в
 `template/.mcp.json`. Поддержка DeepSeek Harness строится из этих файлов:
 `template/scripts/harness.py` не содержит имён команд и ролей, тесты берут ожидаемый
 состав из тех же каталогов, документация ссылается на `python scripts/harness.py list`.
-После правки воркфлоу достаточно прогнать тесты:
+После правки воркфлоу достаточно прогнать проверки:
 
 ```
-python -m unittest discover -s template/tests
-python -m unittest discover -s tests
+python -m unittest discover -s tests/template
+python -m unittest discover -s tests/kit
 python template/scripts/harness.py --root template list
 ```
 
-Таблица соответствия и три случая, когда адаптер всё же правится (поле шапки без правила,
-новый встроенный инструмент Claude Code, новая версия Harness), — в разделе «Как
-переносится воркфлоу Claude Code» файла [DEEPSEEK.md](template/DEEPSEEK.md). Таблицы
-агентов и команд в `template/AGENTS.md`, `template/README.md` и `GUIDE.md` общие для двух
-сред и обновляются вместе с воркфлоу.
+Таблица соответствия и три случая, когда адаптер всё же правится (поле шапки без
+правила, новый встроенный инструмент Claude Code, новая версия Harness), — в разделе «Как
+переносится воркфлоу Claude Code» файла [template/DEEPSEEK.md](template/DEEPSEEK.md).
+Состав воркфлоу описан в `template/AGENTS.md`; он же попадает в созданный проект, поэтому
+его не дублируют ни здесь, ни в руководстве.
+
+## Устройство набора
+
+| Слой | Где | Что это |
+| --- | --- | --- |
+| Продукт | `template/` | проект-заготовка; создание копирует его целиком, подставляя имя библиотеки и название |
+| Набор | `tools/` | `create.py` — создание и обновление проекта; `tests/kit/` проверяет его без сети и Lean |
+| Проверки продукта | `tests/template/` | инструменты проекта, адаптер Harness, согласованность документации |
+| Описание | `docs/`, `README.md` | руководство пользователя, архитектура, эта страница |
+
+Такое деление — по назначению, а не по типу файла: всё, что копируется в проект, лежит
+целиком в `template/`, а всё, что описывает и проверяет копирование, — вне него. Поэтому
+`PROJECT.md`, `question.md` и остальные файлы заготовки не встречаются в двух местах.
+Полный разбор с обоснованием — в [docs/architecture.md](docs/architecture.md).
 
 ## Требования
 
@@ -77,34 +91,13 @@ Python 3.11 или новее, `uv`, `elan` с `lake`, `git`; `pdflatex` — д
 | --- | --- |
 | `template/AGENTS.md` | общие правила: карта проекта, статусы, роли агентов, проверки |
 | `template/scripts/proj.py` | заготовки записей, поля шапок, сводки, проверки, аудит аксиом, отпечатки формулировок, сборка статьи, пакеты Aristotle |
+| `template/scripts/records.py` | один разбор записей с шапкой для `proj.py` и `lit.py`: чтение, запись, номера, заготовки |
 | `template/scripts/lit.py` | источники: zbMATH, arXiv, MathNet, DOI; транскрипции; гибридный поиск по полным текстам |
 | `template/scripts/*_mcp.py` | те же действия как инструменты MCP-серверов `proj` и `lit` |
 | `template/scripts/harness.py` | DeepSeek Harness: skills, роли и MCP из `.claude/` и `.mcp.json`, Cordis patch, запуск Web/Headless |
 | `template/DEEPSEEK.md` | запуск Harness, перенос воркфлоу Claude Code, проверки |
 | `template/.claude/agents/` | генератор идей, критик, экспериментатор, рецензент, формализатор, проверяющий соответствие, поиск по Mathlib, поиск литературы, транскрипция PDF, сверка карточек |
 | `template/.claude/commands/` | `/day`, `/ideas`, `/referee`, `/formalize`, `/fidelity`, `/sources`, `/transcribe` |
 | `template/.claude/skills/` | оформление текста: `paper-canvas`, `shkalikov-style`, `paper-de-ai`, `exposition`; набор и типографика LaTeX: `math-rigor` |
-| `template/tests/` | тесты инструментов без сети и без Lean; `harness_runtime.mjs` сверяет patch со схемами Harness |
-| `tests/` | тесты создания и обновления проекта |
-
-## Устройство
-
-- Статус утверждения стоит в шапке его записи `results/R*.md`. `blueprint.md` и индекс
-  идей собирает `proj.py sync`.
-- `proj.py check` находит объявления записей в библиотеке, запускает Lean, разбирает
-  аксиомы и ищет в исходниках `sorry`, `axiom`, `native_decide` и отключённые линтеры.
-- Соответствие формулировки Lean утверждению записи проверяет отдельный агент. Отпечаток
-  формулировки и её определений показывает, что проверка устарела.
-- Идею проверяет критик, доказательство — рецензент, карточку источника — сверяющий по
-  PDF. Каждому передают только написанный текст.
-- На запись и на идею — по файлу.
-- Тема лежит в `PROJECT.md`, `question.md` и `project.toml`; инструменты обновляются из
-  шаблона.
-- Скрипты написаны на Python и печатают в UTF-8. У каждого действия есть инструмент MCP,
-  которому строки передаются без оболочки.
-- Опыт — папка `experiments/E*/` с кодом и одной командой запуска; она входит в Git.
-- В `output/` лежит только восстановимое.
-- У транскрипции есть печатные номера страниц и утверждений. Карточку теоремы сверяют с
-  PDF вместе с условиями раздела, стоящими вне текста теоремы.
-- Обозначения не пересекаются: `R` — запись, `I` — идея, `S` — источник, `E` — опыт,
-  `Q` — открытый вопрос.
+| `tests/template/` | тесты инструментов без сети и без Lean; `harness_runtime.mjs` сверяет patch со схемами Harness |
+| `tests/kit/` | тесты создания и обновления проекта |