Refactor/structure audit

.github/workflows/ci.yml

@@ -33,6 +33,6 @@ jobs:
       - uses: actions/setup-node@v4
         with:
           node-version: '24'
-      - run: python template/scripts/harness.py prepare
-      - run: npm install --prefix "$RUNNER_TEMP/research-dsh" "$(python template/scripts/harness.py package)"
+      - run: python template/scripts/host/harness.py prepare
+      - run: npm install --prefix "$RUNNER_TEMP/research-dsh" "$(python template/scripts/host/harness.py package)"
       - run: node tests/template/harness_runtime.mjs "$RUNNER_TEMP/research-dsh/node_modules"

README.md

@@ -15,9 +15,9 @@ python tools/create.py ..\Spectra --lib Spectra --title "Название тем
 cd ..\Spectra
 lake exe cache get
 lake build
-python scripts/proj.py doctor
-python scripts/proj.py check
-python scripts/harness.py run web
+python scripts/state/proj.py doctor
+python scripts/state/proj.py check
+python scripts/host/harness.py run web
 ```
 
 `--lib` — имя библиотеки Lean и пространства имён. Версии Lean и Mathlib берутся из
@@ -40,7 +40,9 @@ python tools/create.py --update ..\Spectra
 `scripts/`, `tests/`, `.claude/agents/`, `.claude/commands/`, `.claude/skills/`,
 `DEEPSEEK.md`, `sources/README.md`, `experiments/README.md`, CI. Постановка, записи, идеи,
 источники, библиотека Lean, статья, `.mcp.json` и `.claude/settings.json` не трогаются.
-Файлы, которых в шаблоне больше нет, команда перечисляет, но не удаляет.
+Файлы, которых в шаблоне больше нет, команда перечисляет, но не удаляет. Если в проекте
+лежит навык с именем команды шаблона, обновление останавливается и называет папку
+`.claude/skills/ИМЯ/`, которую нужно удалить: команды и навыки делят одно пространство имён.
 
 После обновления пересобираются производные `.dsh/skills/` и Cordis patch для Harness из
 актуальных инструкций и локальной `.mcp.json`. `--dry-run` ничего не пишет.
@@ -49,14 +51,14 @@ python tools/create.py --update ..\Spectra
 
 Команды, роли и навыки правятся в одном месте — `template/.claude/`; MCP-серверы — в
 `template/.mcp.json`. Поддержка DeepSeek Harness строится из этих файлов:
-`template/scripts/harness.py` не содержит имён команд и ролей, тесты берут ожидаемый
-состав из тех же каталогов, документация ссылается на `python scripts/harness.py list`.
+`template/scripts/host/harness.py` не содержит имён команд и ролей, тесты берут ожидаемый
+состав из тех же каталогов, документация ссылается на `python scripts/host/harness.py list`.
 После правки воркфлоу достаточно прогнать проверки:
 
 ```
 python -m unittest discover -s tests/template
 python -m unittest discover -s tests/kit
-python template/scripts/harness.py --root template list
+python template/scripts/host/harness.py --root template list
 ```
 
 Таблица соответствия и три случая, когда адаптер всё же правится (поле шапки без
@@ -90,14 +92,14 @@ Python 3.11 или новее, `uv`, `elan` с `lake`, `git`; `pdflatex` — д
 | Часть | Содержание |
 | --- | --- |
 | `template/AGENTS.md` | общие правила: карта проекта, статусы, роли агентов, проверки |
-| `template/scripts/proj.py` | заготовки записей, поля шапок, сводки, проверки, аудит аксиом, отпечатки формулировок, сборка статьи, пакеты Aristotle |
+| `template/scripts/state/proj.py` | заготовки записей, поля шапок, сводки, проверки, аудит аксиом, отпечатки формулировок, сборка статьи, пакеты Aristotle |
 | `template/scripts/records.py` | один разбор записей с шапкой для `proj.py` и `lit.py`: чтение, запись, номера, заготовки |
-| `template/scripts/lit.py` | источники: zbMATH, arXiv, MathNet, DOI; транскрипции; гибридный поиск по полным текстам |
-| `template/scripts/*_mcp.py` | те же действия как инструменты MCP-серверов `proj` и `lit` |
-| `template/scripts/harness.py` | DeepSeek Harness: skills, роли и MCP из `.claude/` и `.mcp.json`, Cordis patch, запуск Web/Headless |
+| `template/scripts/sources/lit.py` | источники: zbMATH, arXiv, MathNet, DOI; транскрипции; гибридный поиск по полным текстам |
+| `template/scripts/state/mcp.py и scripts/sources/mcp.py` | те же действия как инструменты MCP-серверов `proj` и `lit` |
+| `template/scripts/host/harness.py` | DeepSeek Harness: skills, роли и MCP из `.claude/` и `.mcp.json`, Cordis patch, запуск Web/Headless |
 | `template/DEEPSEEK.md` | запуск Harness, перенос воркфлоу Claude Code, проверки |
 | `template/.claude/agents/` | генератор идей, критик, экспериментатор, рецензент, формализатор, проверяющий соответствие, поиск по Mathlib, поиск литературы, транскрипция PDF, сверка карточек |
-| `template/.claude/commands/` | `/day`, `/ideas`, `/referee`, `/formalize`, `/fidelity`, `/sources`, `/transcribe` |
-| `template/.claude/skills/` | оформление текста: `paper-canvas`, `shkalikov-style`, `paper-de-ai`, `exposition`; набор и типографика LaTeX: `math-rigor` |
+| `template/.claude/commands/` | `/day`, `/ideas`, `/referee`, `/formalize`, `/fidelity`, `/sources`, `/transcribe`, `/exposition` |
+| `template/.claude/skills/` | слои математического текста: содержание — `math-rigor`, композиция — `paper-canvas`, стиль автора — `shkalikov-style`, язык — `paper-de-ai`, набор — `math-typeset` |
 | `tests/template/` | тесты инструментов без сети и без Lean; `harness_runtime.mjs` сверяет patch со схемами Harness |
 | `tests/kit/` | тесты создания и обновления проекта |

docs/architecture.md

@@ -53,7 +53,7 @@
 продублированы. Копии могли разойтись при правке формата. Общая часть вынесена в
 `scripts/records.py`; `proj.py` и `lit.py` вызывают её.
 
-**Обратная зависимость.** `proj.py sync` запускал `scripts/lit.py catalog` подпроцессом по
+**Обратная зависимость.** `proj.py sync` запускал `scripts/sources/lit.py catalog` подпроцессом по
 жёсткому пути, то есть инструмент записей знал о внутреннем устройстве инструмента
 источников, а смена рабочей папки ломала вызов. Теперь путь строится от расположения
 самого модуля, а корень передаётся явно ключом `--root`.

docs/guide.md

@@ -33,19 +33,19 @@ python tools/create.py ..\Spectra --lib Spectra --title "Название тем
 cd ..\Spectra
 lake exe cache get
 lake build
-python scripts/proj.py doctor
-python scripts/proj.py check
+python scripts/state/proj.py doctor
+python scripts/state/proj.py check
 ```
 
 `--lib` — имя библиотеки Lean и пространства имён: латиница, с заглавной буквы, без
 пробелов. `lake exe cache get` скачивает готовую сборку Mathlib, иначе `lake build`
 займёт часы. `doctor` проверяет окружение, `check` — сам проект; в свежем проекте `check`
 выдаёт одно замечание о записи-примере.
 
-Один раз выполните `uv run scripts/lit.py list`: команда поставит зависимости поиска по
+Один раз выполните `uv run scripts/sources/lit.py list`: команда поставит зависимости поиска по
 литературе, и редактору не придётся ждать этого при первом запуске.
 
-Для DeepSeek Harness запустите `python scripts/harness.py run web`, выберите папку
+Для DeepSeek Harness запустите `python scripts/host/harness.py run web`, выберите папку
 проекта и preset Standard, настройте модель и ключ в интерфейсе Harness. Создание
 проекта уже подготовило skills, роли и MCP; запуск обновит их при необходимости.
 Полная инструкция — [DEEPSEEK.md](../template/DEEPSEEK.md), она также лежит в созданном проекте.
@@ -67,7 +67,7 @@ python scripts/proj.py check
 сначала пуст: его пополняют агенты критик и рецензент, когда находят вывод, который в этой теме выглядит интуитивно верным, но неверен.
 
 После этого удалите примеры: файл `results/R01.md` и теорему `sq_add` из `Basic.lean` в
-папке библиотеки, затем выполните `python scripts/proj.py sync`.
+папке библиотеки, затем выполните `python scripts/state/proj.py sync`.
 
 ## Шаг 3. Работать командами
 
@@ -93,7 +93,7 @@ python scripts/proj.py check
 авторский LaTeX, с MathNet — PDF, по одному DOI — только описание.
 
 Статью, которой нет в открытом доступе, вы добавляете сами:
-`python scripts/lit.py attach S31 путь\к\файлу.pdf`.
+`python scripts/sources/lit.py attach S31 путь\к\файлу.pdf`.
 
 Теорему источника нельзя использовать как посылку, пока у неё нет карточки в
 `sources/cards/`. Карточка содержит номер теоремы, страницу, все гипотезы вместе с
@@ -129,7 +129,7 @@ python scripts/proj.py check
 
 Доказательство пишется в запись `results/R*.md` — на утверждение свой файл с разделами
 «Утверждение», «Доказательство», «Границы». Запись создаёт команда
-`python scripts/proj.py new result "Название"`; текст можете написать вы или попросить об
+`python scripts/state/proj.py new result "Название"`; текст можете написать вы или попросить об
 этом Claude обычным сообщением.
 
 `/referee R07` отдаёт запись рецензенту. Вердикты:
@@ -167,15 +167,22 @@ Lean то же, что утверждение записи. Он не видит
 
 ### Статья: `/exposition`
 
-`/exposition` читает `paper/main.tex`, сравнивает его со списком результатов и вносит то,
-что меняет ответ на вопрос статьи: новый класс данных, усиление вывода, ослабление
-гипотезы, пример или контрпример. Технические леммы в статью не идут. Вносится только
-запись с принятой рецензией либо с доказательством в Lean и проверенным соответствием.
-Lean, агенты и номера записей в тексте статьи не упоминаются.
+`/exposition` без аргумента читает `paper/main.tex`, сравнивает его с записями и вносит то,
+после чего аннотация или анонс статьи должны измениться: новый класс данных, усиление
+вывода, ослабление гипотезы, закрытый вопрос, пример или контрпример. Лемма входит как
+ступень доказательства вносимого результата. Вносится только запись с принятой рецензией
+либо с доказательством в Lean и проверенным соответствием; результаты, которые уже стоят в
+статье без такой проверки, команда не трогает и перечисляет в отчёте. Lean, агенты и номера
+записей в тексте статьи не упоминаются.
 
-Статью оформляют четыре скилла из проекта: `paper-canvas` следит за линией изложения,
-`shkalikov-style` задаёт стиль, `math-rigor` отвечает за набор и типографику LaTeX,
-`paper-de-ai` убирает обороты, по которым узнаётся машинный текст. Другой стиль указывается в `PROJECT.md`.
+С аргументом команда делает то, что названо: `/exposition внеси R07` — полный проход,
+`/exposition поправь ссылку в лемме 3` — правка по месту и сборка.
+
+Текст ведут пять скиллов проекта, по одному на слой: `math-rigor` отвечает за содержание
+(верно ли утверждение и можно ли его проверить), `paper-canvas` — за композицию (что
+сказано и что главное), `shkalikov-style` — за стиль автора, `paper-de-ai` — за язык (слова
+без содержания), `math-typeset` — за набор формул и окружений. Другой стиль указывается в
+`PROJECT.md`.
 
 ### Ежедневный цикл: `/day`
 
@@ -197,7 +204,7 @@ Lean, агенты и номера записей в тексте статьи 
 | `sources/catalog.md` | источники со ссылками и статусами |
 | `question.md`, раздел «Ответ на …» | короткий ответ на вопрос со ссылками на записи |
 
-Первые три файла собирает `python scripts/proj.py sync` из шапок записей; руками они не
+Первые три файла собирает `python scripts/state/proj.py sync` из шапок записей; руками они не
 правятся.
 
 Шапка записи показывает, насколько утверждению можно верить:
@@ -233,7 +240,7 @@ Lean, агенты и номера записей в тексте статьи 
 
 Всё, что делают команды, доступно и из терминала.
 
-Проект — `python scripts/proj.py …`:
+Проект — `python scripts/state/proj.py …`:
 
 | Команда | Действие |
 | --- | --- |
@@ -246,7 +253,7 @@ Lean, агенты и номера записей в тексте статьи 
 | `tex paper/main.tex` | собрать статью |
 | `doctor` | проверить окружение |
 
-Литература — `python scripts/lit.py …`:
+Литература — `python scripts/sources/lit.py …`:
 
 | Команда | Действие |
 | --- | --- |
@@ -276,8 +283,8 @@ python tools/create.py --update ..\Spectra
 
 Для DeepSeek Harness отдельного обновления нет: его skills и роли собираются из тех же
 агентов, команд и скиллов. `tools/create.py --update` пересобирает их сам, а после своей правки
-в `.claude/` или `.mcp.json` это делает `python scripts/harness.py prepare` или следующий
-`run`. Что получит Harness, показывает `python scripts/harness.py list`.
+в `.claude/` или `.mcp.json` это делает `python scripts/host/harness.py prepare` или следующий
+`run`. Что получит Harness, показывает `python scripts/host/harness.py list`.
 
 ## Если что-то не работает
 
@@ -292,7 +299,7 @@ python tools/create.py --update ..\Spectra
   `mathlib-scout`.
 - Инструменты ведут себя странно после правки `scripts/` —
   `python -m unittest discover tests`.
-- В Harness нет команды, роли или инструмента MCP. `python scripts/harness.py list`
-  показывает, что адаптер собрал; `python scripts/harness.py check` — устарели ли
+- В Harness нет команды, роли или инструмента MCP. `python scripts/host/harness.py list`
+  показывает, что адаптер собрал; `python scripts/host/harness.py check` — устарели ли
   производные файлы. Запуск идёт только через `harness.py run` или с ключом `--patch`,
   после пересборки Harness перезапускается. Остальное — в `DEEPSEEK.md`.

template/.claude/agents/experimenter.md

@@ -15,7 +15,7 @@ tools: Read, Grep, Glob, Bash, Write, Edit, mcp__proj
 
 1. Прочитай идею или вопрос, контрольные случаи в `question.md`, правила в
    `experiments/README.md`.
-2. Создай опыт: `python scripts/proj.py new experiment "Название" --idea I07`. До расчёта
+2. Создай опыт: `python scripts/state/proj.py new experiment "Название" --idea I07`. До расчёта
    запиши в его `README.md` вопрос и исход, опровергающий гипотезу.
 3. Напиши `run.py`: зависимости — в заголовке PEP 723, параметры и зерно случайных чисел
    — в коде, результат — таблица в stdout. Запуск: `uv run experiments/E01/run.py`.