R-Plot-Code

专为高校与科研人员打造的科研绘图代码合集（R 语言）
提供常见学术期刊风格图形的可复用脚本与模板，覆盖数据读取、整理到可视化的完整链路，支持一键复现与自定义主题。

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目录（Table of Contents）

• 项目简介
• 目录结构
• 快速开始-quick-start
• 脚本清单（自动生成）
• 通用参数与主题
• 数据格式建议
• 复现实验-reproducibility
• 常见问题-faq
• 贡献-contributing
• 许可证-license
• 致谢-acknowledgement

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项目简介

• 代码语言：R（100%）
• 许可证：Apache-2.0（可商用、可修改与再发布，需保留版权与许可声明）
• 适用场景：论文制图、课题汇报、项目可视化、学术海报等
• 设计目标：规范化（统一主题）、可复现（固定依赖）、可复用（模块化函数）、易扩展（新图表可平滑接入）

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目录结构

下方为“自动生成区间”。已预置目录树，CI 运行后会自动替换为最新目录树。

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├─ Code/
│  ├─ 00. 出版级绘图主题与导出函数.R
│  ├─ 01. 分组折线图+蜂群图+柱状图.R
│  ├─ 02. 气泡热图.R
│  ├─ 03. 网络相关性热图.R
│  ├─ 04. 采样地图.R
│  ├─ 05. 箱线图+抖动点.R
│  ├─ 06. 小提琴图+箱线图.R
│  ├─ 07. 分面柱状图.R
│  ├─ 08. 百分比堆积柱状图.R
│  ├─ 09. 误差线折线图.R
│  ├─ 10. 面积图.R
│  ├─ 11. 直方图+密度曲线.R
│  ├─ 12. QQ图.R
│  ├─ 13. 双变量散点回归图.R
│  ├─ 14. 二维密度图.R
│  ├─ 15. 火山图.R
│  ├─ 16. PCA散点图.R
│  ├─ 17. 雷达图（极坐标）.R
│  ├─ 18. 树图（Treemap）.R
│  ├─ 19. 桑基图（ggalluvial）.R
│  ├─ 20. 环形图.R
│  ├─ 21. 棒棒糖图.R
│  ├─ 22. Cleveland点图.R
│  ├─ 23. 日历热图.R
│  └─ 24. 极坐标玫瑰图.R
├─ Run Guide/
│  ├─ 01. 分组折线图+蜂群图+柱状图.md
│  ├─ 02. 气泡热图.md
│  ├─ 03. 网络相关性热图.md
│  ├─ 04. 采样地图.md
│  ├─ 05. 箱线图+抖动点.md
│  ├─ 06. 小提琴图+箱线图.md
│  ├─ 07. 分面柱状图.md
│  ├─ 08. 百分比堆积柱状图.md
│  ├─ 09. 误差线折线图.md
│  ├─ 10. 面积图.md
│  ├─ 11. 直方图+密度曲线.md
│  ├─ 12. QQ图.md
│  ├─ 13. 双变量散点回归图.md
│  ├─ 14. 二维密度图.md
│  ├─ 15. 火山图.md
│  ├─ 16. PCA散点图.md
│  ├─ 17. 雷达图（极坐标）.md
│  ├─ 18. 树图（Treemap）.md
│  ├─ 19. 桑基图（ggalluvial）.md
│  ├─ 20. 环形图.md
│  ├─ 21. 棒棒糖图.md
│  ├─ 22. Cleveland点图.md
│  ├─ 23. 日历热图.md
│  └─ 24. 极坐标玫瑰图.md
├─ tools/
│  └─ build_readme_table.R
├─ LICENSE
└─ README.md

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快速开始 (Quick Start)

1) 环境准备

建议 R ≥ 4.2，并安装常用依赖（按需增减）：

install.packages(c(
  "ggplot2","tidyverse","dplyr","readr","readxl",
  "data.table","ggpubr","patchwork","cowplot",
  "scales","stringr","forcats","here",
  "sf","rgeos","sp","rgdal","ggsci"
))

若 Code/ 内有自定义函数（如 utils_theme.R, utils_plot.R），请在脚本开头 source() 引入，或封装为包统一管理。

2) 克隆仓库

git clone https://github.com/SoMic520/R-Plot-Code.git
cd R-Plot-Code

3) 运行脚本

以柱状图脚本为例（假设存在 Code/01_barplot.R）：

# 在仓库根目录的 R 控制台执行
source("Code/01_barplot.R")

• 如脚本依赖示例数据，请将数据放在 Run Guide/ 或脚本同级目录，并在脚本内配置相对路径
• 推荐使用 here::here() 保持路径稳健

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脚本清单（自动生成）

下方为“自动生成区间”。已预置示例表格，CI 运行后会自动替换为扫描 Code/ 目录得到的最新清单。

脚本	相对路径	行数	大小KB	最近提交时间
00. 出版级绘图主题与导出函数.R	Code/00. 出版级绘图主题与导出函数.R	46	1.9
01. 分组折线图+蜂群图+柱状图.R	Code/01. 分组折线图+蜂群图+柱状图.R	222	11.1
02. 气泡热图.R	Code/02. 气泡热图.R	127	5.0
03. 网络相关性热图.R	Code/03. 网络相关性热图.R	101	4.6
04. 采样地图.R	Code/04. 采样地图.R	218	10.9
05. 箱线图+抖动点.R	Code/05. 箱线图+抖动点.R	38	1.5
06. 小提琴图+箱线图.R	Code/06. 小提琴图+箱线图.R	36	1.3
07. 分面柱状图.R	Code/07. 分面柱状图.R	40	1.5
08. 百分比堆积柱状图.R	Code/08. 百分比堆积柱状图.R	35	1.3
09. 误差线折线图.R	Code/09. 误差线折线图.R	42	1.4
10. 面积图.R	Code/10. 面积图.R	36	1.2
11. 直方图+密度曲线.R	Code/11. 直方图+密度曲线.R	32	1.2
12. QQ图.R	Code/12. QQ图.R	30	0.9
13. 双变量散点回归图.R	Code/13. 双变量散点回归图.R	40	1.3
14. 二维密度图.R	Code/14. 二维密度图.R	34	1.1
15. 火山图.R	Code/15. 火山图.R	41	1.4
16. PCA散点图.R	Code/16. PCA散点图.R	37	1.3
17. 雷达图（极坐标）.R	Code/17. 雷达图（极坐标）.R	46	1.4
18. 树图（Treemap）.R	Code/18. 树图（Treemap）.R	38	1.5
19. 桑基图（ggalluvial）.R	Code/19. 桑基图（ggalluvial）.R	40	1.4
20. 环形图.R	Code/20. 环形图.R	46	1.5
21. 棒棒糖图.R	Code/21. 棒棒糖图.R	35	1.1
22. Cleveland点图.R	Code/22. Cleveland点图.R	38	1.4
23. 日历热图.R	Code/23. 日历热图.R	40	1.3
24. 极坐标玫瑰图.R	Code/24. 极坐标玫瑰图.R	34	1.1

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通用参数与主题

• 主题（Theme）：建议集中在 utils_theme.R 中维护期刊风格主题（字号、线宽、字体、图例等），通过 theme_set() 或自定义 theme_pub() 统一调用
• 配色（Palette）：优先 ggsci（期刊友好），或 scale_*_manual() 配合品牌色
• 导出（Export）：统一 ggsave(filename, width, height, dpi, device="pdf/png")；尺寸按期刊版式（常见：单栏 85 mm、双栏 170 mm）
• 字体（Fonts）：中文可配合系统字体与 showtext；导出 PDF 建议嵌入字体，避免投稿替换失败

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数据格式建议

• 表头命名清晰、无空格；分类变量建议设为 factor
• 数值变量保留合适小数位
• 若脚本依赖特定列名（如 group, treatment, value），请在脚本注释或本 README 中明确

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复现实验 (Reproducibility)

• 固定随机种子：set.seed(123)
• 记录依赖：在关键脚本末尾 sessionInfo() 输出到日志
• 提供最小可运行示例（MRE）与示例数据，置于 Run Guide/ 并在脚本开头说明

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常见问题 (FAQ)

Q1：路径报错怎么办？
A：确认工作目录在仓库根目录，或使用 here::here() 生成稳健路径。

Q2：字体缺失？
A：在系统安装并通过 extrafont/showtext 注册；导出 PDF 时尽量嵌入字体。

Q3：包安装失败？
A：更换 CRAN 镜像，或使用 pak::pak() 处理二进制依赖。

Q4：空间数据读取失败？
A：确认 GDAL/PROJ 等依赖正确安装（Windows 建议优先用 sf 的二进制包）。

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贡献 (Contributing)

欢迎提交 PR / Issue 改进脚本、补充示例与中文注释：

1. Fork 本仓库并创建特性分支
2. 附上最小可重现数据与渲染结果
3. 遵循统一的代码风格与主题规范

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许可证 (License)

本项目采用 Apache-2.0 许可证，详见 LICENSE。

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致谢 (Acknowledgement)

感谢所有对科研图形规范化与复现性做出贡献的同学与老师。若你的工作基于本仓库代码，引用或在致谢中标注本仓库链接将帮助更多人受益。