Skip to content

Feature/DIMS_DrugDB - #128

Open
mraves2 wants to merge 16 commits into
developfrom
feature/DIMS_DrugDB
Open

Feature/DIMS_DrugDB#128
mraves2 wants to merge 16 commits into
developfrom
feature/DIMS_DrugDB

Conversation

@mraves2

@mraves2 mraves2 commented Jul 27, 2026

Copy link
Copy Markdown
Contributor

Naast annotatie van piekgroepen op basis van metabolieten in de HMDB is nu ook de DrugDB ingebouwd. Drug metabolieten hebben een ID die begint met CHEMBL; op basis daarvan wordt een apart Excel bestand gemaakt en een extra tabel van drugs met de meest afwijkende Z-scores in de vioolplotjes PDF.
De stap GenerateExcel is gerefactored; er zijn twee nieuwe functies bijgekomen in export/generate_excel_functions.R waarvoor ook unit tests zijn geschreven. GenerateExcel.R is hierdoor overzichtelijker geworden, hoewel het waarschijnlijk nog verder geoptimaliseerd kan worden.

Comment thread DIMS/export/generate_excel_functions.R
Comment thread DIMS/export/generate_excel_functions.R
Comment thread DIMS/export/generate_violin_plots_functions.R Outdated
Comment thread DIMS/export/generate_violin_plots_functions.R Outdated
Comment thread DIMS/export/generate_violin_plots_functions.R Outdated
Comment thread DIMS/GenerateExcel.R Outdated

@ALuesink ALuesink left a comment

Copy link
Copy Markdown
Contributor

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

All comments have been addressed. LGTM

Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment

Labels

None yet

Projects

None yet

Development

Successfully merging this pull request may close these issues.

2 participants